Cистему для обнаружения вариантов SARS-CoV-2 в сточных водах выпускает Zymo Research
Компания Zymo Research передала экомикробиологическому сообществу исходный код биоинформационной системы мониторинга трубопроводов VirSieve™ с целью стимулирования глобального сотрудничества и содействия в обнаружении вариантов вируса SARS-CoV-2 в сточных водах. VirSieve™ представляет собой автоматизированную вычислительную систему мониторинга трубопроводов, анализирующую последовательные показания о наличии вируса SARS-CoV-2 в пробах сточных вод для получения более полного представления о вирусных вариациях, присутствующих в контролируемых сообществах. Оценивая доверительный интервал в наблюдаемых мутациях вируса, это программное средство имеет потенциал для существенного повышения точности анализа любых изменений в вирусном генетическом материале.
По данным Центров контроля и профилактики заболеваний, несмотря на грандиозное положительное влияние вакцинации на сдерживание пандемии SARS-CoV-2 в США новые вирусные штаммы продолжают появляться. Некоторые из этих штаммов, в частности B.1.1.7, классифицируются как «проблемные варианты» в связи с подтверждением информации об их повышенной скорости распространения, патогенности или ускользания от вакцин. Секвенирование сточных вод нового поколения оказывается наиболее жизнеспособным решением для наблюдения за сообществами в режиме псевдореального времени.
Секвенирование вирусов из сточных вод затруднено фрагментацией и разложением вирусной РНК, что зачастую приводит к ошибкам секвенирования, которые в конечном итоге проявляются как ложные мутации. Система VirSieve™ может распознавать эти ложные варианты и помечать их как малодостоверные или недостоверные, позволяя исследователям фильтровать мутации с более высокой степенью поддержки. Компания Zymo Research также предоставляет DNA/RNA Shield™ — реагент, защищающий вирусную РНК от дальнейшего разложения после инактивации любого вируса в целях безопасного отбора и транспортировки образцов сточных вод при температуре окружающей среды.
«Компания Zymo Research ранее разработала общедоступные программные средства, включая программу-клиента Zymo Research Transfer с открытым исходным кодом для предоставления результатов тестирования на COVID-19 через санитарно-эпидемиологическую систему отчетности CalREDIE, — заявил руководитель подразделения лабораторных информационных систем и руководитель проекта разработки мониторинговой системы VirSieve™ Pipeline в компании Zymo Research Михаэль Вайнштайн (Michael Weinstein). — Система VirSieve™ является частью постоянной работы компании Zymo Research, направленной на обеспечение максимальной поддержки усилий по борьбе с пандемией во всем мире. Мы считаем, что VirSieve™ потенциально может использоваться не только для отслеживания вариантных штаммов вируса SARS-CoV-2 в сточных водах, но и других вирусов при решении задач, которые могут быть поставлены перед системами здравоохранения в будущем».
«Получение точных вариантов из клинических образцов или сточных вод является ключом к правильному определению места того или иного вирусного штамма относительно всех остальных вариантов вируса и обеспечению информационной базы для отслеживания болезнетворных организмов», — заявил д-р Кристофер Мэйсон (Christopher Mason), платный представитель компании Zymo Research, соруководитель Института количественного прогнозирования WorldQuant и профессор физиологии и биофизики в колледже Weill Cornell Medicine.
